Общий Сюжет
Через сто лет после победы альянса шиноби над Обито, над миром воцарилось спокойствие. Более ста лет продлилось перемирие пяти великих стран, но, вскоре шиноби из разных стран стали пропадать. Каге стали отправлять поисковые отряды, но они находили лишь завалы, которые никуда не вели. Однако, один человек из страны воды вернулся. Он рассказал о деревне, где все покрыто туманом и эта деревня вытаскивает все самые худшие страхи и кошмары из головы и души и воплощает их в реальность.  О нем подумали как об обезумевшем. Однако, это повторили еще несколько человек и каге созвали экстренное собрание.  Во время собрания от странной болезни умирает Казекаге и деревня находится под угрозой атаки страны молнии и земли.  Две страны грызутся за патронат на деревней песка, а в это время мародеры грабят и убивают жителей. Коноха высылает туда свои силы для установления порядка.  Также в деревню загадок посылают отряд из Учихи, Хьюги и Узумаки, чтобы раз и навсегда разобраться с проблемой. Страна воды держится в жестком нейтралитете и постоянно укрепляет свои позиции. Теперь чужому шиноби невозможно попасть в деревню.

Орочимару
Да-да, змей пережить умудрился даже Наруто, гуляя по телам. Своего он так и не добился, но отчаянно пытается захватить хоть кого-нибудь, дабы олицетворить свою мечту - выучить все техники в мире. Он также заинтересован деревней загадок и хочет обратить ее влияние себе на пользу.

Сорьюкен
Новая огранизация, которая держится в тени, но одной из ее целей становится мировой хаос.  Их привлекает анархия.  Своими силами они удивили даже новых акацуки. Целиком состоит из джинчурики.

Акацуки
Акацуки теперь официальная организация, которая действует нетрадиционными методами. Их нанимают страна молнии и страна земли, дабы уничтожить страну огня изнутри.